on me dit dans l'oreillette (b_b) qu'il faut garder l'icône du plugin dans le dossier images à la racine et non dans prive/themes car pas besoin d'être personnalisé. Cf https://www.mail-archive.com/spip-zone@rezo.net/msg46354.html

Par contre, il semble que l'icône du menu ne soit pris en compte que s'il est dans themes.

.gitattributes

@@ -14,6 +14,7 @@ fonts/fontawesome-webfont.woff2 -text
 formulaires/configurer_alpha.html -text
 formulaires/newsletter_subscribe.html -text
 formulaires/newsletter_subscribe.php -text
+images/alpha-64.png -text
 images/overlay.png -text
 inclure/CallToAction.html -text
 inclure/footer.html -text
@@ -75,6 +76,5 @@ original/index.html -text
 /paquet.xml -text
 prive/squelettes/contenu/configurer_alpha.html -text
 prive/themes/spip/images/alpha-16.png -text
-prive/themes/spip/images/alpha-64.png -text
 /rubrique.html -text
 /sommaire.html -text

paquet.xml

@@ -4,7 +4,7 @@
 	version="1.0.9"
 	etat="test"
 	compatibilite="[3.0.0;3.2.*]"
-	logo="prive/themes/spip/images/alpha-64.png"
+	logo="images/alpha-64.png"
 >
 
 	<nom>Html5Up Alpha</nom>