Nombreuses adaptations :
1) les binaires sont maintenant sans extension .php
2) Pour tenir compte des <options> que l'ont passait dans phpdoc.xml, spécifique à l'autodoc,
il faut grandement ruser maintenant car le sérialiseur / désérialiseur utilisé maintenant par phpdocumentor
ne conserve que les éléments qui lui sont déclarés. Pour cela, on surcharge donc la classe Configuration
de phpdocumentor pour ajouter notre tableau d'options.
À noter que la syntaxe est légèrement différente (voir Helpers/phpdoc_helper.xml)
3) Pour faire parvenir les données de configuration au template Twig, et suite toujours au
changement dans la gestion de la configuration de phpdocumentor, on transmet directement
aux template la configuration connue (sans la recalculer). Mais pour cela, on doit
surcharger le Writer/Twig pour ajouter notre élément. La surcharge est minime heureusement.
4) L'autoloader est déclaré différemment également. Il est appelé avant le chargement de phpDocumentor
et lui est transmis lors de la création (new Application(...)). On s'adapte (dans bin/autodoc) et on
adapte toutes les commandes Helpers pour transmettre cet autoloader… Pfiou.
Du coup, pour simplifier un peu, on crée une Application pour le Helpers, et on déporte
de bin/autodoc_helper vers l'application la déclaration des commandes utilisables.